实验室根据研究方向设置3个研究所，即页岩气地质评价研究所、页岩气资源勘查新技术研究所、气液固污染过程控制与评价研究所。

1、页岩气地质评价研究所

所长：黄俨然

成员：陈新跃、尹锋、余烨、黄俨然、黄敏、戴德求、匡文龙、朱伟、肖正辉、资锋、田家杰、石得凤

2、页岩气资源勘查新技术研究所

所长：廖建平

成员：曹运江、曹书锦、廖建平、杨超、杨荣丰、杨天春、肖拥军、杨仙、戴世鑫

3、 气液固污染过程控制与评价研究所

所长：朱国成

成员：任伯帜、ANDRU(外专百人）、邓仁健、肖江、朱国成、王政华、刘洋、候保林、李勇超、杨秀贞